O Hospital São Marcos, dentro do conceito de evolução constante de seus serviços, disponibiliza uma moderna Farmácia Hospitalar, com cerca de 300m2, funcionando 24 horas todos os dias e conta com uma equipe composta por farmacêuticos, auxiliares de farmácia e administrativos, contínuos e técnicos de enfermagem. Além da Farmácia Central o Hospital possui ainda doze farmácias satélites localizadas nas UTIs, Centros Cirúrgicos, Unidades de Diagnósticos, Ambulatório e Quimioterapia.

A Farmácia Central do hospital trabalha desde 2003 com o Sistema de Distribuição de Medicamentos por Dose Unitária (SDMDU), ou seja, dose certa para o paciente certo na hora certa. Nesse sistema as doses dos medicamentos são preparadas dentro da farmácia em áreas específicas e nas capelas de fluxo laminar e logo depois enviadas aos pacientes.
 
O Hospital investiu recentemente na melhoria do processo de rastreabilidade dos medicamentos em suas unidades com o Sistema de Código Bidimensional DataMatrix que permite que todos os medicamentos sejam identificados com lote, validade, laboratório fabricante e apresentação do produto. Na prática, significa redução de custos, rapidez, segurança e melhoria no fluxo dos medicamentos, com controle absoluto desde a chegada no hospital até a administração final em cada paciente.

Um dos grandes diferenciais do Hospital São Marcos é o setor de farmácia, um dos poucos do Brasil a implantar o sistema de distribuição de medicamentos por dose unitária (SDMDU) para medicamentos de administração oral e injetável, além do preparo de nutrição parenteral. Tudo de acordo com as normas e padrões estabelecidos pelo Ministério da Saúde.