A higienização é uma das necessidades iniciais de um ambiente hospitalar. Desta forma, o Hospital São Marcos se cerca de cuidados e investe em modernos sistemas para garantir que seus pacientes usufruam de um ambiente limpo, reduzindo ao máximo os índices de infecção hospitalar.

O diferencial do Hospital São Marcos está na utilização da esterilização por óxido de etileno. Esse material só é utilizado no Piauí pelo Hospital São Marcos e no Brasil são poucos os hospitais que possuem este recurso. Ele traz uma enorme vantagem para os pacientes, pois esteriliza todo o material termossensível, que para outros hospitais há a necessidade de encaminhá-los para empresas terceirizadas ou, dependendo do material, poderá sofrer apenas o processo de desinfecção. O Hospital recebeu uma certificação quanto ao monitoramento da esterilização deste material. Além disso, todos os funcionários do setor receberam o treinamento e as orientações necessárias de manuseio.

O investimento em tecnologia de ponta pode ser percebido no amplo maquinário de que dispõe o setor, que conta ainda com quatro autoclaves a vapor e duas autoclaves Statim. A diferença da autoclave a vapor para a esterilização processada pelo Statim é que na primeira, o processo dura em torno de duas horas, já na segunda o processo pode durar apenas quinze minutos. Isso permite que caso haja alguma necessidade de esterilização de material com urgência, por exemplo, com um paciente em sala cirúrgica, o instrumental seja rapidamente esterilizado e devolvido para uso.

Outras aquisições tecnológicas importantes para o setor foram a termodesinfectadora e a lavadora ultrassônica, que representam o que há de mais inovador no mercado no que diz respeito à limpeza e esterilização. As máquinas de limpeza trabalham auxiliando o processo feito pelos profissionais da central de lavagem. A ultrassônica limpa com maior qualidade o material do que utilizando simplesmente a mão do profissional. No entanto é importante ressaltar a parceria entre os dois, porque o profissional é sim o responsável pela verificação da qualidade do processo. A termodesinfectadora tem o mesmo processo eficaz de limpeza com maior aprofundamento na limpeza devido ao uso de água quente.

Vale ainda frisar que todo material utilizado no setor é aprovado pela ANVISA, tendo as certificações e identificações exigidas.